Bajo la dominación romana la importancia de Marín, derivada, sin duda, de sus magníficas condiciones de abrigo, queda reflejada por los numerosos restos encontrados en las inmediaciones de su puerto y en Portocelo, como monedas y ánforas.
Los primeros testimonios documentales del Puerto de Marín que aparecen se remontan a comienzos del siglo XII. La primera referencia documental es la donación efectuada en 1112 por la Reina Doña Urraca y su hijo Alfonso, al caballero Don Diego Arias, junto con las tierras que poseían en el Morrazo. El legado no tardará en pasar a pertenecer al Monasterio de Oseira, al tomar dicho caballero el hábito del Císter.
El Puerto denominado de San Xiao estaba situado en la bocarribera del río Lameiriña abrigándolo de los vientos del SW el espolón de Punta Pesqueira, sobre el que con posterioridad y sucesivamente se construirían O Forte, el Polígono de Tiro y la Escuela Naval.
Marín participa de forma destacada en el apogeo pesquero de la Ría y ello da lugar a numerosos enfrentamientos y pleitos entre los mareantes de Marín y el poderoso gremio pontevedrés. Esta rivalidad alcanza a los titulares de ambos señoríos: la Mitra Compostelana y la Abadía de Oseira, que sostienen largos pleitos en defensa de sus derechos jurisdiccionales. Un hecho que resalta la pujanza económica de Marín es la construcción de un fuerte para la protección del puerto, que tendrá una importancia decisiva en la defensa del puerto en los siglos XVI y XVII.
El despertar bajomedieval de la Ría de Pontevedra tuvo como pieza angular la actividad pesquera, que se convirtió en el motor de arranque de las villas costeras. El propio incremento de las capturas terminó generando la necesidad de conservar los excedentes para poder comercializarlos. Conservación que exigía el abastecimiento vía importación, inicialmente desde Bretaña y Portugal, de un producto indispensable, la sal.
Al inicial comercio de sal y salazón no tarda en acoplarse un producto de amplia demanda en el norte, tanto en versión intermediaria, reexportando el vino del Sur y Levante, como en la directa, dando salida al segundo gran excedente gallego.
Como producto de retorno y equilibrador monetario se establece el comercio de paños finos de los que Galicia fue siempre deficitaria.
Durante los siglos XV y XVI al contrario de lo que ocurría con la pesca, en la que competían con mayor o menor éxito los demás puertos de la Ría, el comercio estaba monopolizado exclusivamente por el muelle pontevedrés.
A finales del siglo XVI se desencadena una aguda crisis en los sectores más dinámicos de la economía pontevedresa. La crisis portuaria provocada por la disminución de calado del puerto pontevedrés y el fracaso de las negociaciones para incorporar a su jurisdicción el Puerto de Marín y agudizada por la pérdida de su condición de puerto internacional, unido a los efectos de la piratería inglesa y turca, supone una drástica reducción del tráfico marítimo y de las actividades económicas con el relacionadas.
Pontevedra y Marín experimentan a lo largo de los siglos XVII y XVIII una evolución contrapuesta. Mientras que Pontevedra ve como disminuye su actividad económica, en especial la pesquería y el comercio marítimo, Marín amplía sus barriadas marineras.
Durante estos dos siglos en Marín no sólo inicia su despegue el primitivo puerto, que sigue monopolizando el comercio marítimo, sino que nacen o se desarrollan múltiples barriadas pesqueras, Puerto Zapal, Mouta, Gudín, Canto da Area y Estribela. Desde el punto de vista demográfico, durante estos dos siglos, mientras la población de Pontevedra se reduce a la mitad, la de Marín se multiplica por dos. Esto es reflejo del dinamismo de la pesquería con la llegada de los catalanes que introducirían nuevas artes de pesca y nuevos métodos de salazón con lo que se ampliarían los horizontes comerciales.
Durante el siglo XIX los puertos de Marín y de Pontevedra forman un todo relativamente unitario. Aunque los buques de mayor porte fondean ya en Marín, cuyo enlace con As Corbaceiras realiza una flotilla de galeones y barcazas. La mayor parte del comercio marítimo gira en torno al binomio sal-salazón. La sal procede de Cádiz y Torrevieja. La salazón se encamina a Barcelona y los puertos de levante, y en menor medida a Bilbao y puertos del norte.
Complementan este tráfico embarcaciones nacionales y extranjeras (portugueses, daneses, suecos y hanseáticos de Hamburgo y Lubeck)con unas mercancías entre las que destacan: el aceite y jabones andaluces, el cacao y azúcar coloniales, procedentes de Cádiz, los vinos, aguardientes y tejidos catalanes, la cal, loza y piedras de molino procedentes de Portugal,los postes de hierro de Bristol, Bilbao o Sargadelos, el lino báltico y, más ocasionalmente, arroz, trigo o bacalao de Terranova. Se observa una creciente ampliación de competencias aduaneras en este periodo.
En las últimas décadas del siglo XIX comienzan a hacer escala en el Puerto de Marín numerosas navieras europeas para recoger la creciente riada migratoria hacia tierras americanas, con lo que el número de buques extranjeros que tocan el Puerto anualmente rebasa ampliamente el medio millar.
Tanto la creciente actividad comercial y de pasaje como la progresiva dotación y ampliación de los servicios portuarios propiciaron la inclusión de Marín en la relación de puertos de interés general del Estado en 1886. Posteriormente y en los años 1889 se reorganiza el servicio de Sanidad Marítima y se crearía la Comandancia de Marina en 1903.
Pero será la creación en 1907 de la Junta de Obras del Puerto la que propiciará el despegue portuario. La Junta de Obras del Puerto tiene a su cargo las obras y servicios correspondientes a la ría y puerto de Pontevedra, Marín, Bueu y Sangenjo. Sus órganos de gobierno eran: La Dirección Ejecutiva, compuesta por un Presidente, un Vice-presidente y varios vocales; la Dirección Facultativa, compuesta por el Ingeniero Director, el Ingeniero Ayudante, el sobrestante, un delineante, un vigilante y un escribiente; la Dirección Administrativa formada por el secretario contador, depositario-pagador, representante oficial y ordenanza.
La obras proyectadas y realizadas por la Junta tienen dos objetivos básicos. La construcción de un muelle comercial en la zona comprendida entre Punta Gamela y la desembocadura del Lameiriña y de un muelle pesquero en Estribela.
El proyecto del puerto comercial, redactado en 1898, consistía en un dique muelle de abrigo que arranca de Punta Gamela, al Oeste de la ensenada de Marín que abrigaría una dársena cerrada por la ampliación de longitud de un pequeño muelle en la dirección existente de antiguo al otro lado de la desembocadura del arroyo Lameiriña, frente al poblado de Marín.
En lo que se refiere al puerto pesquero, desde antiguo existía en Estribela un pequeño muelle de ribera en cuyas proximidades estaba emplazada la lonja de contratación de pescado, este muelle fue ampliado con un proyecto de muelle pesquero.
En cuanto a la mejora de instalaciones, se proyecta el ramal de acceso al puerto comercial desde la carretera de Cangas y el acceso de la Lonja de pescado de Estribela con dicha carretera. Un proyecto largamente debatido fue el enlace ferroviario de Marín con Pontevedra, concebido como parte del tramo Lalín-Marín del denominado Ferrocarril Central Gallego proyectado desde Vivero a Marín.
Durante los últimos años de la Junta se habían cedido a la Marina algunos terrenos inmediatos al Dique Oeste en los que por R.D. de 4-12-1920 se había establecido un Polígono de Tiro Naval.
En diciembre de 1922 la Junta de Obras del Puerto de Pontevedra se transforma en Comisión Administrativa, que será encargada del gobierno portuario hasta el 8 de junio de 1968.
En un principio la composición de la Comisión es presidida por los Gobernadores Civiles y la jefatura técnica la poseía el Ingeniero Director y entre otros componentes figuraban el Comandante de Marina, los Alcaldes de Pontevedra, Marín y Bueu, el Administrador de Aduanas y un representante del Sindicato de Pesca.
El establecimiento del Polígono de Tiro en el Puerto de Marín, su creciente actividad e importancia y la progresiva ocupación por el mismo de los terrenos situados al sur del dique Oeste llevó a proyectar el establecimiento del Puerto Comercial al Este de lo que más adelante sería el Puerto Militar.
Por Decreto de Presidencia del Gobierno de 24 de septiembre de 1943 se dispone la cesión al Ministerio de Marina, por el de Obras Públicas, del dique Oeste del Puerto de Marín, así como la dársena que forma el dique Oeste y el nuevo muelle Comercial.
Es en 1952 cuando se aprueba el anteproyecto del Plan General de Obras del Puerto de Marín, que contempla actuaciones en los puertos militar, comercial y pesquero.
El Puerto Comercial se proyecta como prolongación del dique Este existente, en una longitud de unos 400 metros y dirección N.E.
El Puerto de Estribela da lugar a la redacción del “Proyecto de Puerto Pesquero”, cuya primera etapa iniciada en 1955 y finaliza en 1963 e incluye los muelles pesqueros, sur, este; y su segunda fase iniciada en 1964 finaliza en 1967 con el dique norte.
Dentro de las obras de infraestructura viaria destaca por su importancia el llamado “Camino de Unión del Puerto de Pontevedra con el de Marín”, (Autovía de Orillamar) finalizada en 1967. Por otro lado, a lo largo de toda esta etapa se planea el enlace de Pontevedra con Marín a través del ferrocarril. En 1927 es aprobado por la Comisión el proyecto y en julio del siguiente año por la Dirección General de Obras Públicas. Tras varias adjudicaciones y rescisiones y con parte de la obra realizada, en 1940 se produce un decisivo cambio de criterio en al Dirección General de Puertos y la obra pasa a depender de la Dirección General de Ferrocarriles y Transportes.
En mayo de 1968 la Comisión pasa a denominarse Junta del Puerto y Ría de Pontevedra. Comienza una etapa, cuyas competencias quedan reducidas en 1985 al Puerto de Marín al cederse a la Comunidad Autónoma el resto de instalaciones portuarias de la Ría y permanecer como único puerto de Interés General el de Marín.
La composición de la Junta queda constituida por: Presidente, Comandante de Marina, Presidente de la Excma. Diputación, Alcalde de Marín, Abogado del Estado, Administrador de aduanas, Representantes de los Sindicatos de Marina Mercante, Transportes, Pesca, Papel y Artes Gráficas, Grupo de trabajadores Portuarios, Grupo de personal laboral, Cámara de Comercio, Industria y Navegación, Ingeniero Director y Secretario de la Junta. Posteriormente se incorporarán un representante de la Cofradía de Nª Señora del Puerto de Marín y varios representantes de los usuarios y armadores.
De esta etapa destacan los proyectos de adecuación y servicios para el sector pesquero y fundamentalmente el de Pabellón de Venta y Empaque en el Puerto Pesquero de Marín (Lonja) en 1971 y el Muelle y Explanada de Reparaciones en el Puerto de Marín en 1989 y más recientemente Nuevos Departamentos de Exportadores, la Adaptación de las infraestructuras pesqueras a la normativa comunitaria y el Primer Grupo de Departamentos para Talleres.
En el sector comercial destaca el proyecto de Muelle Comercial del Puerto de Marín, hoy Muelle Manuel Leirós nº 2, que con sus 245 m de longitud de atraque y 12 metros de calado constituyó la auténtica infraestructura que catapultó al Puerto de Marín a lo que es hoy, posibilitando la entrada de buques graneleros de grandes dimensiones. También posibilitará la entrada de buques de mayor porte el Muelle Oeste en el Nuevo sector comercial con 160 metros de longitud de atraque y 9 metros de calado.